Orta Asya’dan gelen kavimlerin Anadolu’ya girişleri sırasında Ağrı bir geçiş oluşturmuş, dolayısıyla birçok medeniyete ev sahipliği yapmıştır. Ancak bu medeniyetler Ağrı’yı bir giriş kapısı olarak gördüklerinden burada çok köklü bir uygarlık oluşturamamışlardır.
Bölgede egemenlik kurdukları sanılan Hititler’in güçlerini yitirmeleri üzerine, M.Ö.1340-M.Ö.1200 tarihleri arasında Hurriler bölgeye yerleşmişlerdir. Hurriler krallık merkezi olan Urfa’dan uzak olan Ağrı’yı ellerinde tutamamışlardır. Bölgede en köklü uygarlığı Urartular oluşturmuştur.
Urartu’nun Van Gölü’nün kuzey ve kuzeydoğusundaki ülkeler üzerine, Kral İspuini (M.Ö.825-M.Ö.810) döneminde seferler başlamış, Kral Menua (M.Ö.810-M.Ö.786) döneminde bu akınlar daha da ağırlık kazanmıştır.
Kuzeye ve kuzeydoğuya giden yollar üzerinde inşa edilen kaleler, buraya yapılan seferlerin önceden planlandığını göstermektedir. Ağrı Dağı’nın yamaçlarında, Karakoyunlu ve Taşburun köylerinin arasında ele geçen bir Urartu yazıtı Kral Menua’nın bu bölgedeki egemenliğinin kesin kanıtıdır. M.Ö.712 yıllarında Kızılırmak boylarına kadar uzanan Kimmerler, Ağrı’da geçici de olsa bir hâkimiyet kurmuşlardır.
Medler (M.Ö.708-M.Ö.555) Asur Devleti’nin yıkılması ile birlikte bir yayılma sürecine girmiş, bunun sonucu olarak da Ağrı ve çevresini topraklarına katmışlardır. Medler’in yıkılması ile birlikte Persler; Büyük İskender’in Pers Kralı III.Darius’u (M.Ö.331) yenerek Anadolu’yu ele geçirdiği zamana kadar yaklaşık iki yüzyıl boyunca bölgede yaşamışlardır. Büyük İskender’in ölümü üzerine oluşan boşluktan faydalanan Ermeniler bölgeyi ele geçirmişlerdir.
Doğu Anadolu’ya gelip yerleşen ilk Türk topluluğu M.Ö. 680 yılında bölgeye gelen Sakalardır. Murat Nehri ve Doğubayazıt çevrelerine kısa sürede yerleşmişlerdir. Daha sonraları Arsaklılar ve Artaksıyaslı Krallığı, Ağrı ve çevresine hakim olmuştur. Bölge, Hz. Osman zamanında İslam orduları tarafından fethedilmiştir. 872 yılına kadar Abbasilerin kontrolü altında kalan Ağrı, daha sonra Bizans’ın egemenliğine geçmiştir.
1071 Malazgirt Savaşı sonrası bölgeye Türk boyları gelmeye başlamıştır. Ağrı, yüz yıla yakın bir süre Sökmenli Devleti’nin sınırları içine girmiştir. 1027-1225 yılları arasında Ani Atabekleri, 1239’da Cengizliler, 1256-1358 yılları arasında İlhanlılar ve Celayirliler Ağrı’da hüküm sürmüşlerdir. İlhanlılar bazen kurultaylarını Ağrı Dağı’nda yapmış, Anadolu ve İran’ı buradan yönetmişlerdir. 1393’de Moğol Hakanı Aksak Timur, Ağrı bölgesini ele geçirmiştir.
1405-1468 tarihleri arasında Ağrı, Karakoyunlu toprakları içinde yer almış, Karakoyunlular yıkılınca bölge Akkoyunlular’ın egemenliğine geçmiştir. Ağrı, Çaldıran Savaşı sonrasında ise Yavuz Sultan Selim tarafından Osmanlı topraklarına katılmıştır.
Osmanlı döneminde Şorbulak olarak anılan ilin adı, Ermeniler zamanında Karakilise olarak değiştirilmiştir. Kazım Karabekir Paşa zamanında Karakilise ismi değiştirilerek Karaköse diye adlandırılmıştır.
Nuh Tufanı ile ilgisinden dolayı Tevrat’ta adı geçen Ararat Dağı ve ülkesinin, Ağrı ve çevresinin olduğu sanılması dolayısıyla Ağrı’ya Batılılar tarafından Ararat da denilmektedir. 1834 yılında bucak, 1869 yılında ilçe olan Ağrı, 1927 yılında il merkezi olmuştur. 5.137 m yüksekliğiyle Türkiye’nin en büyük dağı olan Ağrı Dağı’ndan dolayı il Ağrı adını almıştır.